高壓蒸汽鍋爐加熱是在一個較高的壓力環境下運行的, 因此其控制系統中設置了一系列安全保護裝置。如對于過壓, 首先有設定值范圍的程序控制，超出設定值一定限度后，鍋爐會自動停車；待低于設定值一定限度后又會自動啟動運行。其次有壓力傳感器最高限制控制，一旦設定值程序失控，壓力達到鍋爐的設計額定高限時，也會自動停止鍋爐的運行；最后在蒸汽管道上設置了安全閥，如果前兩層電子保護系統未起作用，將啟動機械壓力保護。因此，雖然高壓蒸汽鍋爐是在55~ 65MPa壓力下工作的，但其安全性毋容置疑。從目前的使用看，還沒有一起因正常使用而導致的安全事故發生。
對高壓系統而言, 必須保證爐體內的燃燒室管束在操作過程中是“浸沒”在水中的, 以防止過熱造成危害。同時由于加熱過程中水體積的膨脹, 在80MPa時水體積將增加37%，在90MPa時增加42%，因此安裝時鍋爐至換熱器最低端的最小連接管道間的體積至少應為鍋爐本體體積的50%，以防止加熱至工作壓力時液體進入換熱器。小于該體積將可能導致鍋爐水進入換熱器形成“浸沒”導致換熱效率急劇下降。
在實際使用過程中，通常鍋爐的加水量為鍋爐體積的120%，所增加的20%水起到保險作用。因此，在鍋爐與換熱器的連接管道布置設計時，需要充分考慮到管道長度和水體積膨脹因素，以滿足鍋爐的正常使用，一般需要專業人員對設計進行審核。
鍋爐燃燒器必須在使用時由受過專業訓練的人員進行調整，使鍋爐處于小火、中火和大火（滿負荷）時的燃燒狀態最佳，這一工作必須借助專業的儀器設備來進行。通過對燃氣中的 O2、CO、CO2、煙色和排煙溫度的測量調整, 使燃燒器處于最佳工作狀態。
高壓蒸汽鍋爐系統的水質量對于鍋爐正常運行也是非常重要的一個指標。由于鍋爐水是一次加入后在鍋爐中封閉運行的, 同時在運行壓力下, 水蒸氣在鍋爐系統中的運行速度很大，一旦灌入了不符合純度要求的水，將會由于雜質的存在、pH的偏差對管道系統造成嚴重的損害，快速導致鍋爐管系統泄漏，從而使鍋爐使用壽命降低。
